Podmień silnik na stary i sprawdź czy się poprawi, mało prawdopodobne ale może silnik masz jakiś felerny.

Jeśli przewodu jesteś pewny, że jest ok to podłącz go jeszcze zamiast X lub Y i sprawdź.

Jaki prąd zostawiłeś mu w ustawieniach?

Nędznej jakości piny które nie łączą poprawnie, kiepsko zaciśnięte a może przewód sam w sobie ma 3 włosy na krzyż i ma duże spadki.
Zaznacz poprawną odpowedź.

Zrobić sobie na wymiar najlepiej.

Nie pomieszałeś przypadkiem faz w silniku?
Sprawdź fazy silnika zwierając dwa przewody ze sobą jak masz poprawną fazę to silnik będzie się kręcił z oporem. Dopasuj fazy sprawdź podłączenie na płycie głównej.
Ewentualnie użyj multimetru.

Rób to na wyłączonym zasilaniu.

Gdzie? Wytrzeźwiałeś?

Do sprawdzenia masz moim zdaniem:

rotation_distance

Znalazłem, że w Ender 3 V2 jest rotation_distance: 34.406
ale to nie jest powód problemów z ruchem silnika.

Dla testów podniósł bym prąd na 0.75

Czekaj zasugerowałem się Enderem a ty tam masz SKR mini. Definicje wyglądają ok.

Jaki prąd masz ustawiony na silnik E?