Strzelam nieco na ślepo.

P1.26 to jeszcze może kolidować z diag (do sensorless homing). Nie mam SKR ale na Octopus tak jest - albo się konfiguruje pod diag albo pod inne potrzeby (zworką). Czy w SKR jest analogicznie...

Na szybko z googla: https://github.com/Klipper3d/klipper/issues/3555

To może napisz co było nie tak, brak wcięć?

Dla pewności. Gdy filament się skończy wydruk leci dalej ale komenda QUERY_FILAMENT_SENSOR SENSOR=runout wtedy wykonana mówi, że filamentu brak wg sensora, zgadza się?

SET_FILAMENT_SENSOR SENSOR=runout ENABLE=1 nie wiem czy domyślnie jest on na starcie.

runout_gcode się wykona dopiero po zakończeniu "pauzy". Daj pause_on_runout: False