Jeśli to tylko i wyłącznie pierwsza warstwa to tak jak pisze FlameRunner - jest bardziej wprasowana w stół i niższa niż ustawiona w slicerze.
Slic3r (przynajmniej Prusa Edition) też ma możliwość kompensacji tego - Print settings -> Advanced -> Elephant foot compensation. U mnie ta wartość ma -0.2, ale u siebie musisz przetestować.