Nie wiem na czym stoi rozwój SW_UART na DUE aktualnie, ale kilka miesięcy temu zrezygnowałem z Arduino DUE na rzecz LPC1768 właśnie z tego powodu, tj braku obsługi softowego UARTa na DUE. Pamiętaj, że jeden port sprzętowy jest używany przez USB.

Oś Z spokojnie może chodzić w trybie Standalone, ale nie wiem jak ekstruder - wiele osób raportowało problemy z ekstruderem na TMC i wtedy fajnie jest pokombinować z konfiguracją.