Możliwe jest że przez zepsute sprzęgło nie trzyma zadanego offsetu.
Wydrukuj na rafcie (skoro nie możesz tego offsetu ogarnąć) to: https://www.thingiverse.com/thing:602481

Sprawdź czy coś się zmieni.

istein pisze: jaką komendę mogę użyć w Pronterface tak by wprowadzić w software offset?

Zapisujesz ustawienia M500, ale musisz mieć włączony EEPROM
Możesz spróbować to sprawdzić komendą M115 (https://marlinfw.org/docs/gcode/M115.html)

Następnie M503, żeby zobaczyć czy sie zapisało.

Offset jednak powinien do momentu wyłączenia/zresetowania drukarki sie utrzymać. Sprawdź tą ostatnią komendę po ustawieniu offsetu (M851 -> M503).

Jeżeli drukarka pomimo to nie drukuję na odpowiedniej wysokości warstwy to może problem jest gdzie indziej.