Czyli pewnie przewody.
Posprawdzaj wtyczki.
Jak Jarewa napisał też i wrzeciono. Jest z tego samego zasilacza zasilane co sterownik czy osobno?

Za co konkretnie odpowiada alarm 3?
Jak silnik wprowadza zakłócenia to mogą się uaktywniać krańcówki. Sprobuj wymienić przewody na izolowane, dodać ferryty na przewodach itp.

A nie powinieneś sobie prędkości transmisji przy połączeniu ustawić.
Nie wiem dokładnie ale np. LaserGRBL ma przy połączeniu z komputerem wybór