W sumie przeczytałem jeszcze raz co zrobiłeś i moja rada była kiepska.
Zamień testowo ze sobą silniki osi X i Y .
Sprawdź sobie okablowanie silnika na tej osi może jest uszkodzony przewód.
Napisz jeszcze jaka wersja Marlina jest na tym SKR może jakaś nie dopracowana.

Testowo zmniejsz napięcie na silniku Y.