Znalazłem na szybko https://www.cnc.info.pl/problem-z-bazow ... 37-10.html
Może to trochę pomoże

A jak jest rozwiązane bazowanie osi Z w drukarkach z dwoma silnikami? Może coś podobnego zastosować?

Tak przyszłościowo najpierw otwory potem gabaryt. Zawsze możesz po wycięciu otworów wykorzystać je do mocowania detalu do stołu.
A tak to świetnie to wygląda

Ja jeszcze bym radził żeby krańcówki były jako NC bo jak przypadkowo uszkodzi się przewód to ją rozłączy i maszyna nie ruszy.

Nie wiem jak to wygląda u ciebie ale ja u siebie ze względu na braki w złączach podpiąłem krańcówki home równolegle po jedno wejście wolne piny mam pod czujnik

Jak masz tyle wyjść na krańcówki to ja bym dał. Ja mam tylko do zerowania jak straci krok to wali wtedy o konstrukcję a tak jest szansa że się zatrzyma.

Ładnie się zapowiada. Moja jeszcze jest na etapie rysowania w F360