Jeśli chcesz wykluczyć to, że Atmega się nie wyrabia to puść wydruk dużego sześcianu bez wypełnienia.
Normalnie Atmega może przetworzyć około 200 do 400 lini G-code na sekundę.
Jeśli slicer potnie dokładnie jakiś model na małe odcinki to wielkość pliku może być przyczyną powolnego druku.

Jakiego slicera używasz? Sprawdź czy nie masz ustawionej zbyt małej akceleracji.
Możesz podejrzeć prędkości w pliku G-code za pomocą https://www.gcodeanalyser.com/.
Jeśli w pliku prędkość jest ok to powinno pomóc zmniejszenie precyzji tak żeby slicer wygenerował mniej linii kodu.