@Misiek
Ze swojego doświadczenia wiem, że bardzo łatwo poprzez zwarcie spalić Atmegę w Arduino. Mi się udało zrobić zwarcie na śmigle od chłodzenia wydruku, przez MOSFETA zasilanie poszło na Atmegę, a przez nią na wyświetlacz i stepsticki + moduł USB.
Tu mogło być podobnie, choć miałeś więcej szczęścia. Na 100% nie ma szans, że to przez pastę, pasta jest izolatorem, chyba że srebrnej, przewodzącej użyłeś, zwykła, biała silikonowa jest nieprzewodząca. Zwęglenie Vmot wskazuje na zbyt wielkie obciążenie stepsticka, mogło być zwarcie na silniku, a przez stepsticka zasilanie 12(24V) mogło pójść na Atmegę, niestety nie ma tam optoizolacji, albo choćby diod Zenera, ograniczających napięcie idące od strony sterowanych układów w nietypowych sytuacjach.
Ja zainwestowałem 36zł w klona Mega2560 i wszystko śmiga. Przy okazji zmieniłem wyświetlacz na normalny zielony, nie wiem czy to starość czy oczy, ale negatywowy niebieski jakoś mi się mienił w oczach.