dodatkowo przy uszkodzonym jednym kabelku silniki działa słyszalnie inaczej wystarczy przytrzymać ręką i czuć, że całkiem nie ma mocy.

jeszcze jedna opcja:

c) komenda M92 https://marlinfw.org/docs/gcode/M092.html służy do określenia liczby mikroków silnika na mm.
M92
powinno wyświetlić aktualnie ustawione mikrokroki dla X,Y,Z i E

Nigdy tego nie robiłem w Marlinie ale można najpewniej ustawić na przykład
M92 Y100
lub
M92 Y-100

tak że jeśli dla Y masz ustawione z minusem to można wywalić minus albo dopisać jeśli go nie było. Potem zapisać ustawienia na stałe do EEPROM.

zatem trudno wyjaśnić co się stało. Jakkolwiek możesz to skorygować:
a) w firmware ale wymaga kompilacji oprogramowania. (Zakładam, że fw to Marlin.)
Ustawienia nie tylko tej kwestii a szeregu innych. Nie wiem na ile jesteś już w tym biegły, Jeśli i tak zamierzasz być to warto przez to przejść teraz.
Jeśli masz kod źródłowy aktualnego fw to oczywiście masz łatwiej.

b) wystarczy obrócić wtyczkę od silnika o 180 po jednej stronie. Np po stronie ślinka jeśli jest to silnik z wtyczka/gniazdkiem. Często wtyczka ma taką konstrukcję, że trudno to zrobić. wtedy trzeba wyłuskać kabelki i zmienić we wtyczce. (warto zrobić wcześniej zdjęcie jak było)

Możliwe powody pracy silnika w przeciwną stronę:

a) silnik faktycznie porusza stołem/głowicą w przeciwną stronę niż zadane. Trzeba to sprawdzić poruszając z komputera albo wyświetlacza
silnikiem. Jak zapodaje się ruch w X -10mm ma jechać w lewo, X + 10mm, w prawo. Analogicznie Y +10 stół ma jechać do Ciebie, Y -10mm do ściany.
Czasem nie da się tego sprawdzić prosto, bo silnik nie reaguje na komendy póki nie wykona prawidłowego home, a nie jest w stanie, bo jedzie w przeciwną niż krańcówka stronę. Wówczas można zasymulować naciskając krańcówkę palcem, następnie wykonać powyższy test.
Zamiast naciskać krańcówki palcem można z komputera podpiętego kablem wydać komendę M121 , opis: https://marlinfw.org/docs/gcode/M121.html

wówczas:
a.1. odwrotnie podpięty kabel do silnika (wtyczka odwrócona o 180')
a.2. wymieniony silnik. nie ma standardu wyprowadzeń kabli w silnkach krokowych. w jednych jest tak, w innych inaczej
powyższe można dostosować również w firmware
a.3. wymieniony stepstick. Podobnie jak z silnikiem są różne kolejności wyprowadzeń.

b) silnik generalnie jedzie w dobre strony ale tylko przy home w przeciwną
b.1. źle ustawiona krańcówka w firmware. Ustawione, że jest obecna krańcówka po stronie max a nie min.
b.2. dobrze wszystko ustawione ale uszkodzona, nie podpięta krańcówka, która cały czas generuje sygnał "zwarte" . W takiej sytuacji przed home silnik próbuje wycofać się w przeciwną stronę by rozłączyć krańcówkę, tak próbuje, próbuje aż dojeżdża do przeciwnej strony.
Stan krańcówki można sprawdzić komendą M119 po podpięciu komputera. https://marlinfw.org/docs/gcode/M119.html

c) uszkodzenie sprzętu:
c.1. uszkodzony uC na płycie głównej
c.2. uszkodzony stepstick, nie reaguje na sygnał z pinu DIR
w przypadku uszkodzenia silnik działa ale niezależnie, czy zapodajemy w lewo, czy w prawo to jedzie w tym samym kierunku.