jak masz ustawione coś tam, to silniki idą tylko w stronę endstopów dopóki nie zrobią hommingu.

pasował by wiedzieć jeszcze jaki masz, chcesz tam mieć soft, jaką elektronikę. Zazwyczaj zdjęcia są bardzo pomocne.
Co do kierunku pracy silnika warto przestudiować linki, które podal @q3ok a na początek może po prostu obrócić wtyczkę od silnika o 180

EDIT: przeczytałem na czacie, że MKS gen - możesz zamienić piny we wtyczce używając małego śrubokręta. Ale tak czy inaczej musisz opanować temat rekompilacji softu, więc pewnie nie warto jednak iść od tej strony.