Zamieniałem stepstiki miejscami w SKR 1.3 (E1<>Y) i wyszło, że się nie da zrobić zmian tylko w Configuration.h, bo po Pins_xxx.h jest includowanych kilka innych plików, które już potrzebują właściwie zdefiniowanych pinów. Poza tym w Configuration.h nawet jakby się dało, to podwójna robota, bo trzeba najpierw #undefine, a później nową definicję. Wiem, że w configu byłoby wszystko w jednym miejscu i tak chciałem u siebie zrobić, ale w moim przypadku po prostu się nie dało.

Może redefinicję tych dwóch pinów da się zrobić ładnie, ale jeżeli po prostu chcesz, żeby to działało i nie chcesz debugować kodu Marlina, to lepiej zamienić to w Pins_ramps.h.