Config chyba ok. Jesteś pewny że się czasem nie rusza ten czujnik w trakcie pomiarów?

Hmmm chyba nie tutaj problem, wynika wygląda lepiej niż na moim klonie bltouch. Wrzuć może cały config Marlina tutaj.

Żeby wywołać tą komendę musisz mieć w sofcie włączoną opcję Z_MIN_PROBE_REPEATABILITY_TEST jeśli masz Marlina oczywiście. Jak w reptier nie wiem. I tak o to chodzi, przy czym ta komenda ładnie zwraca medianę, średnią itp.

Spróbuj zrobić to http://marlinfw.org/docs/gcode/M048.html

W jaki sposób mierzysz wysokość stołu?

Mierzenie na zimny jest bez sensu, musisz na rozgrzanym.