Ponieważ męczy mnie podobny problem z drukarką własnej konstrukcji nie daję za wygraną.
Właśnie znalazłem coś takiego:
https://blog.prusaprinters.org/pl/kalku ... prap_3416/

Zapewne wszyscy to znają ale chodzi tu o sekcję "Optymalna długość osi Z" i jej opis.
Zwłaszcza zdanie: "Oś Z jest zazwyczaj wyłączona podczas braku aktywności" - przy dużej powierzchni zadruku u Ciebie to raczej norma.
Zobacz swoje ustawienia na osi Z i wprowadź dane do kalkulatora. U mnie wyszedł błąd powyżej 10cm w granicy 1mm - to już sporo, bo to się rozkłada na wcześniejsze warstwy.

Chyba zmienię u siebie przekładnię pasową osi Z tak, aby była 1:1, żeby mi ułamkowe kroki nie wychodziły na pełnych warstwach.

No jeśli wysokość wazonika jest identyczna z zadaną, to może filament, który używasz jest grubszy, albo w slicerze masz podany cieńszy i slicer źle oblicza ile go ma podać w trakcie ruchu. Gdyby jednak ustawione było dobrze, to jest tam parametr "flowrate", który może ograniczyć wypływanie filamentu - on powinien pomóc. (to o czym pisał mcxmcx)

A w razie gdyby wazonik był mniejszy niż model, to możesz jeszcze sprawdzić czy ilość kroków na mm w osi Z jest ustawiona prawidłowo.

Sprawdź luzy na osi Z. Zobacz, czy belka po której jeździ głowica ma luz gdy ja próbujesz przesuwać góra-dół. Nie powinno być wyczuwalnego luzu. Szczególnie przy prawym końcu belki. Spróbuj też przy wyłączonej drukarce chwycić za koniec śruby trapezowej i pociągnąć ją do góry. Czy da się wyczuć luz? I czy po włączeniu drukarki i wydaniu polecenia przesunięcia osi Z da się to również zrobić? Jak silnik ma luz poosiowy to po jego włączeniu i obróceniu wału driver przez jakiś czas utrzymuje napięcie uniemożliwiające obrót silnika. Powoduje to również skasowanie ewentualnego luzu poosiowego - uzwojenia starają się przyciągnąć jak najbliżej magnesy wirnika. Gdy driver odłącza napięcie silnika po jakimś czasie luz może znów się objawić.
Nie bardzo chce mi się wierzyć, żeby w trakcie druku silniki na osi Z były wyłączane z działania przy dłuższym wydruku warstwy, ale gdyby tak się działo to efekt byłby identyczny z opisanym przez ciebie.

Oczywiście zła kalibracja ekstrudera i zalewanie wydruku nadmierną ilością filamentu też może być przyczyną.