To albo sprzęgło jest poluzowane z wałem silnika albo zbyt niski prąd na silnik idzie i gubi kilka pierwszych kroków zanim się ruszy.
To ostatnie by pasowało czemu przejeżdża dystans np. 100mm a nie potrafi podnieść 0.03mm.
Sprawdź, czy jak dasz G0 Z+100 to faktycznie się przemieści o 100mm?

A w g-code modelu są komendy G0/G1 Zxxx ???