Nie wiem co to znaczy "naksyrptować w software" ale jak zdefiniujesz w konfigu X hotendów to będziesz miał X pozycji w menu z dostępem do nastaw temperatury.

Ustawienie temperatury zadanej z poziomu PeCeta - https://marlinfw.org/docs/gcode/M104.html

Chyba już większość płyt obsługuje grzany stół i przynajmniej 2 hotendy, czyli juz sie nadaje.

A nie możesz po prostu użyć płyty obsługującej 3 niezależne grzałki?