Jak już chcesz updatować to mogłeś wybrać coś lepszego niż firmware od creality, a i tak po updacie musisz sobie zrobić wszystkie kalibracje, chyba że dane spisałeś.
Ten Professional firmware jest ciekawy, bo ma dużo więcej opcji konfiguracji z poziomu wyświetlacza niż stock i sporo przydatnych funkcji (typu pasek szybkiego dostępu, bed tramming za pomocą BL touch itp.). Ciekawy jest też FW JyersUI, ale mi bardziej przypasował ten pierwszy, właśnie przez sporą ilość opcji z poziomu wyświetlacza.

nie pomogę Ci, bo nie znam tego FW, a ja używam klippera na tej drukarce od dawna i mam zdefiniowany Y max na 230. Jeżeli nie ma takich limitów typu X, Y, Z maximum do ustawienia w menu to pewnie jest to zaszyte w plikach konfiguracyjnych przy kompilacji tego FW.
Możesz po prostu w end g-code zmienić to "{machine_depth}" na 230 albo 225 i to zrobi robotę. Popatrzyłem z ciekawości na swoją drukarkę i wygląda na to, że fizyczna kolizja następuje przy y=233, więc to 230 to takie dobre maximum. Z tego co widzę configu to np. Professional firmware takiej wartości używa: https://github.com/mriscoc/Ender3V2S1
Tak to jest pożyczać

co masz wpisane jako machine depth? U mnie jest 235, ale ten ruch stołu jest do 225.
Zobacz jeszcze jakie masz limity zdefiniowane w FW, skoro robiłeś update.

To zachowanie po skończeniu wydruku jest określane w "end g-code", który definiujesz w ustawieniach maszynowych drukarki w slicerze. Z drugiej strony, limity powinny być zdefiniowane FW. Więc prawdopodobnie zawsze miałeś w end g-code wartość, która każe osi Y wyjechać za daleko, tylko poprzednio firmware miał zdefiniowane poprawne limity ruchu w osiach i chronił drukarkę przed wykonaniem tego, po updacie pewnie się to skasowało
Wklej swój end g-code, zwłaszcza chodzi o komendę G1 z wysoką wartością Y (chyba przedostatnią, bo widać że potem stół wraca). U mnie (też E3 V2) jest to G1 X0 Y225, a zaraz potem M84, czyli wyłączenie stepperów.