To może być coś bardzo prostego.
Podejrzewam że pin DIR po prostu nie działa (albo w configu zmienił się na inny, i dlatego ten prawidłowy nie działa).

Nie wystarczy odłączyć BLToucha. Trzeba podłączyć normalny endstop (czyli przycisk) i odpowiednio zmienić configa. I dla pewności jeszcze sprawdzić wszystko komendą M119.

Podmień przewody w silniku i zobacz czy pojedzie do góry.
Druga rzecz. Nie wyjaśniłeś dokładnie co oznacza "nie jedzie do góry". Wbrew pozorom to nie jest takie oczywiste.
W CNC dość powszechne jest takie uszkodzenie że nie jeździ w jedną stronę, ale w specyficzny sposób: że wysterowanie w jedną czy drugą stronę daje ruch, ale w tą samą stronę. Czyli: A u Ciebie nie wiemy czy jest tak jak wyżej, czy tak: To pierwsze jest zwykle najbardziej oczywiste, i już o tym pisałem ale zedytowałem post bo mnie inne rzeczy zmyliły. Ale może to jednak to.
Więc opisz dokładniej.
Opisz też czy po włączeniu masz trzymający silnik (sprawdź wcześniej na wyłączeniu jak wygląda zwolniony).

Zwarcie na cewkach nie dawałoby takiego objawu.

To chyba coś z czujnikiem że nie pozwala jeździć do góry. Pewnie widzi że ciągle jest aktywny.
Sprawdź komendą QUERY_ENDSTOPS (nie wiem czy ona zadziała dla BLTouch ale możesz spróbować, jak nie to QUERY_PROBE).