Najpierw sprawdź komendą:

M106 S0 //wyłączanie wentylatora
M106 S255 //włączanie na pełne obroty.

Jak to nie działa, to masz prawdopodobnie uszkodzony tranzystor sterujący wyjściem do którego
podłączony jest wentylator. Zakładam, że nic na razie nie zmieniałeś w firmware.