Nie znam twojego slicera, ale generalnie slicery mają opcję położenia obiektu na płasko. Jeśli twój slicer tego nie potrafi to w DMS sobie wyrównaj obiekt do osi, bo najwyraźniej jest przekręcony.

Robi się to za pomocą tej opcji:

Ciężko zrozumieć treść postu, ale jeśli chcesz tylko przeciąć STL-a na pół to możesz użyć Meshmixer.
DSM trochę przymula jak ma edytować wczytane STL-e.